健康小屋在部队应用模式设想一定程度上，部队相当于一个封闭的社区，基层部队卫生机构相当于营区里的社区卫生服务站点，可以依照社区卫生建设的思路，通过建章立制形成普遍使用的建设模式，用来加强基层部队的全科医师培养，推动部队健康教育、预防保健等工作落实，改变当前基层部队卫生建设相对落后的局面。
在部队营区仿照社区设立健康小屋，结合部队训练和日常任务特点，配备相关设施。官兵可以随时使用医保卡或就诊卡利用健康小屋中的各种医疗设备进行健康监测，及时了解自己的身体状况，对健康进行全面评估。用户可以在健康小屋打印检测报告、评估报告，检查结果可以作为医院就医的凭据和参考。
系统会将个人健康信息和自主体检结果通过网络平台上传至健康保健网络管理中心自动建立健康档案，然后由医学专家对健康档案进行分析，及时发现相关疾病高危人群及需要控制的危险因素，及时给予相应的政策指导和措施干预。
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